Dernière mise à jour 18 avril 2007

Pour réaliser l'affichage déporté de Linux vers Windows par SSH
(sans installer Cygwin)

- utiliser Xming et SSH ou Xming et Putty

- petit guide d'installation

Pour SSH, éditer le « profiles », puis sélectionner l'onglet « tunneling »
et cocher la case « tunnel X11 connections »

Dernière mise à jour 12 mars 2005
mise en service

Vue d'ensemble du matériel et des logiciels

Station 64 bits : cemif1.cemif.univ-evry.fr Bi-processeur Opteron 250 à 2,4 Ghz d'AMD. 4 Go de mémoire vive. Disque dur Serial ATA de 80 Go.

• L'espace disque est réparti comme suit :

cemif1	gmfe4
/home (60 Go)	/data (1,3 To, montage NFS)

• Les connexions et transferts de fichiers se font par des connexions sécurisées
  (ssh et sftp par exemple). Des clients ssh et sftp pour Windows sont disponibles ici

• Système d'exploitation : distribution Linux Fedora Core 2 .

• Compilateurs disponibles :

  • Gnu C version 3.3.4    /usr/bin/gcc

  • Gnu Fortran 77 version 3.3.4    /usr/bin/g77

  • Gnu C++ version 3.3.4    /usr/bin/g++

  • Portland Fortran 77     : pgf77

  • Portland Fortran 90     : pgf90

  • Portland C++             : pgCC

  • Portland C                 : pgcc

  • Portland HPF             : pghpf

• Documentation :
  - man | pgf77 | pgf90 | pgCC | pgcc | pghpf
  - mozilla /usr/local/pgi/index.htm
  - site web Portland
  
  IL EST RECOMMANDÉ D'UTILISER LES COMPILATEURS PORTLAND

• Débogage : pgdbg

• Optimisation « profiling » : pgprof

• Librairie Mathématique (blas, lapack, FFT,...) : AMD Core Math Library (ACML)

• ATTENTION : exécutable 64 bits ou 32 bits.
  Par défaut les compilateurs générent des codes 64 bits,
  mais il est également possible de créer et d'exécuter des codes 32 bits

Compiler – Batch - Analyser - Déboguer (PGI)

• Soit le programme fortran 77 : test.f
  Ce programme fait appel à quatre sous-programmes ddot.f, dgemv.f, xerbla.f et lsame.f
  et utilise un fichier de données test.dat.

  Ce programme ouvre le fichier de données, effectue quelques opérations et crée un fichier
  (test.out) contenant les impressions.

• Compilation : (documents pdf : pgiug, pgiug_release_notes522 , pgiug_release_notes524)

• Compilation sans utiliser de librairie mathématique:
  pgf77 test.f ddot.f dgemv.f xerbla.f lsame.f -o test_seq

• Compilation du même programme avec utilisation de la librairie BLAS (ou LAPACK) :
  pgf77 test.f -lblas -llapack -o test_seq

• Quelques options d'optimisation
  (documents pdf : pgiug, pgiug_release_notes522 , pgiug_release_notes524) :

• -fast (équivalent à −O2 −Munroll −Mnoframe)

• -fastsse (équivalent au moins à -O2 -Munroll -Mnoframe -Mscalarsse -Mvect=sse -Mcache_align)

• -tp k8-64 (processeur Opteron, mode 64 bits, option par defaut)

• -tp k8-32 (processeur Opteron, mode 32 bits)

• -Mvect=assoc (vectorisation)

• -Mvect=assoc,cachesize:1048576-Mcache_align (vectorisation, taille cache)

• -mp (parallélisation par OpenMP)

• -Mconcur (auto-parallélisation)

• Batch : contrairement au cluster, la station Opteron ne dispose pas de gestionnaire
  de jobs. Les jobs sont lancés en interactif.
  Pour éviter de rester connecté pendant la durée du job, utiliser la commande Unix : « nohup »
  
  Exemple :
  - lancer votre job « nohup test_seq &> toto.dat &» et se déconnecter
  (remarque : le fichier « toto.dat » contient les redirections des impressions écrans)
  
  - ou alors « nohup test_seq &» et se déconnecter
  dans ce cas les redirections écrans seront placées dans un fichier nommé « nohup.out »

• Analyse des codes (documents pdf : pgitools, pgitools_release_notes) :

Quelques outils pour analyser vos codes : « profiling ».

• Ajouter les options -pg lors de la compilation :
  pgf77 -pg test.f ddot.f dgemv.f xerbla.f lsame.f -o test_seq

• Exécuter votre code normalement :
  À la fin de l'exécution un fichier nommé gmon.out est créé.

• En mode console : gprof test_seq > profile.dat
  
  Le fichier profile.dat contiendra les différentes informations sur le code et notamment
  les sous-programmes les plus gourmands en temps de calcul.

• En mode graphique : pgrof

• Déboguer (documents pdf : pgitools, pgitools_release_notes) :

Les compilateurs PGI disposent d'un débogueur : pgdb.

Page maintenue par Jean-Michel CROS (enseignant-chercheur).