Dernière mise à jour 5 décembre 2012

ANSYS 14.5

- lancement ANSYS APDL (GUI) :
/opt/ansys_inc/v145/ansys/bin/launcher145

- exécution en batch (sans GUI) :
ansys145 -b -p ane3fl < inputname > outputname 2>&1 &

(ane3fl = Ansys Multiphysique)

mise à jour 2 mars 2011

ANSYS 12.1

- lancement ANSYS APDL (GUI) :
/opt/ansys_inc/v121/ansys/bin/launcher121

- exécution en batch (sans GUI) :
nohup ansys121 -b -p ane3fl < inputname > outputname 2>&1

(ane3fl = Ansys Multiphysique)

- lancement ANSYS WORKBENCH :
/opt/ansys_inc/v121/Framework/bin/Linux64/runwb2

- lancement FLUENT :
/opt/ansys_inc/v121/fluent/bin/fluent

Mise à jour 22 février 2011

- Changement de distribution Linux : CentOS 5.5

- Pour utiliser les compilateurs INTEL (Intel® Parallel Studio XE)
ajouter dans le fichier « .bash_profile » (racine du compte) :

.  /opt/intel/bin/iccvars.sh intel64
.  /opt/intel/bin/ifortvars.sh intel64
.  /opt/intel/bin/compilervars.sh intel64

attention : modification de l'appel des librairies pour BLAS et LAPACK
(voir ICI)

- Gnuplot 4.4.2 (version compilée)

- Vigie 1.9.1 (INRIA, version compilée) : /opt/vigie

- Paraview 3.8.1 : /opt/Paraview/bin

Mise à jour 12 juillet 2010

par défaut, un code ne peut utiliser que 24 Go de mémoire
Il est possible d'accéder à toute la mémoire de la machine (attention au débordement) :
mettre en commentaire (#) les deux lignes suivantes qui sont dans le fichier « .bashrc » (racine du compte)

ulimit -m 24747511 # limitation de la mémoire physique
ulimit -v 24747511 # limitation de la mémoire virtuelle

Mise à jour 30 juin 2010

pour utiliser les compilateurs INTEL ajouter dans le fichier « .bash_profile » (racine du compte) :

.  /opt/intel/Compiler/11.1/069/bin/iccvars.sh intel64
.  /opt/intel/Compiler/11.1/069/bin/ifortvars.sh intel64
.  /opt/intel/Compiler/11.1/069/bin/intel64/idbvars.sh intel64

Vue d'ensemble du matériel et des logiciels

Station 64 bits, bi-processeur Intel Xeon W5590 à 3,33 Ghz. Processeur 4 cœurs architecture Nehalem. 96 Go de mémoire vive. Disque dur SAS de 250 Go.

• L'espace disque est réparti comme suit :

z800	Serveur de fichiers
/home (180 Go)	/data (3 To, montage NFS)

• Les connexions et transferts de fichiers se font par des connexions sécurisées
  (ssh et sftp par exemple). Des clients ssh et sftp pour Windows sont disponibles ici

• Système d'exploitation : distribution RedHat Enterprise Linux 5 CentOS 5.5

• Compilateurs disponibles :

  • Intel 77 et 90     : ifort

  • Intel C++     : icpc

  • Intel C     : icc

  • Gnu F77     : g77

  • Gnu C++     : g++

  • Gnu C     : gcc
    IL EST RECOMMANDÉ D'UTILISER LES COMPILATEURS INTEL

• Documentation :
  - documentation INTEL en ligne : Intel Studio XE 2011
  - man

• Débogueurs disponibles :

  • idb (Intel)   

  • gdb (gnu)

• Autres logiciels et librairies :

  • OpenMP (intégré aux compilateurs INTEL) parallélisation par directives

  • Math Kernel Library MKL (BLAS, LAPACK, FFT, …)

• Optimisation « profiling » :

• ATTENTION : exécutable 64 bits ou 32 bits.
  Par défaut les compilateurs générent des codes 64 bits,
  mais il est également possible de créer et d'exécuter des codes 32 bits

Compiler – Batch - Analyser - Déboguer

• Soit le programme fortran 77 : test.f
  Ce programme fait appel à quatre sous-programmes ddot.f, dgemv.f, xerbla.f et lsame.f
  et utilise un fichier de données test.dat.

  Ce programme ouvre le fichier de données, effectue quelques opérations et crée un fichier
  (test.out) contenant les impressions.

• Compilation :

• Compilation sans utiliser de librairie mathématique:
  ifort test.f ddot.f dgemv.f xerbla.f lsame.f -o test_seq

• Compilation du même programme avec utilisation de la librairie BLAS (ou LAPACK) :
  ifort test.f -lmkl_intel_lp64 -lmkl_sequential -lmkl_core -lpthread -o test_seq

• Si votre code utilise des librairies non standards (vos librairies, ATLAS,...),
  il est recommandé de créer votre code en faisant l'édition des liens de manière statique
  (utiliser l'option -static du compilateur).

• Batch : contrairement au cluster, la station Opteron ne dispose pas de gestionnaire
  de jobs. Les jobs sont lancés en interactif.
  Pour éviter de rester connecté pendant la durée du job, utiliser la commande Unix : « nohup »
  
  Exemple :
  - lancer votre job « nohup test_seq &> toto.dat &» et se déconnecter
  (remarque : le fichier « toto.dat » contient les redirections des impressions écrans)
  
  - ou alors « nohup test_seq &» et se déconnecter
  dans ce cas les redirections écrans seront placées dans un fichier nommé « nohup.out »

• Analyse des codes :

Quelques outils pour analyser vos codes : « profiling ».

• Ajouter les options -pg lors de la compilation :
  ifort -pg test.f ddot.f dgemv.f xerbla.f lsame.f -o test_seq

• Exécuter votre code normalement :
  À la fin de l'exécution un fichier nommé gmon.out est créé.

• En mode console : gprof test_seq > profile.dat
  Le fichier profile.dat contiendra les différentes informations sur le code et notamment
  les sous-programmes les plus gourmands en temps de calcul.

• Déboguer :

Les compilateurs Intel disposent d'un débogueur : idb.

Page maintenue par Jean-Michel CROS (enseignant-chercheur).