Travaux séquentiels

• Soit le programme fortran 77 : test.f
  Ce programme fait appel à quatre sous-programmes ddot.f, dgemv.f, xerbla.f et lsame.f
  et utilise un fichier de données test.dat.

  Ce programme ouvre le fichier de données, effectue quelques opérations et crée un fichier
  (test.out) contenant les impressions.

• Compilation : ifort test.f ddot.f dgemv.f xerbla.f lsame.f -o test_seq

• Script-shell minimal permettant d'exécuter ce job
  Une ligne commençant par « # » est un commentaire.
  Par contre une ligne commençant par « #PBS » est une commande.

• Cas d'un code faisant peu d'I/O, utilisation du /home sur le frontal :
  fichier html commenté : run_test_home.sh
  fichier à télécharger : run_test_home.sh

• Cas d'un code faisant beaucoup d'I/O, utilisation du /scratch sur les nœuds :
  fichier html commenté : run_test_scratch.sh
  fichier à télécharger : run_test_scratch.sh

• Soumission du script-shell : qsub run_test_home.sh ou qsub run_test_scratch.sh

  [cros@gmfe3 Essai]$ qsub run_test_home.sh
  193.gmfe3.cemif.univ-evry.fr

• État du job : qstat

  [cros@gmfe3 Essai]$ qstat

  Job id	Name	User	Time Use	S	Queue
  192.gmfe3	SubRP	cros	0	R	One
  193.gmfe3	JobName	cros	0	Q	One

  Il y a deux jobs dans la queue (id 192 et 193), avec :

R	le job est en cours d'exécution
Q	le job "attend son tour"
S	le job est suspendu
E	le job "sort" après son exécution
W	le job attend la fin du temps d'exécution demandé

• Si l'on souhaite supprimer le job de la queue : qdel job_id

  [cros@gmfe3 Essai]$ qdel 193
  [cros@gmfe3 Essai]$ qstat

Job id	Name	User	Time Use	S	Queue
192.gmfe3	SubRP	cros	0	R	One

• Vérification de la bonne exécution du code :

  [cros@gmfe3 Essai]$ more test.out
  début petit programme
  données lues : 10
  produit scalaire 1800.000000000000
  produit scalaire 1620000.0000000000
  fin petit programme
  
  [cros@gmfe3 Essai]$ more test.out2
  début petit programme
  fin petit programme
  
  [cros@gmfe3 Essai]$ more JobName.o194
  /home/cros/Essai
  début du calcul à Tue Mar 23 16:20:21 CET 2004
  début petit programme
  fin petit programme
  fin du calcul à Tue Mar 23 16:20:21 CET 2004
  début du calcul à Tue Mar 23 16:20:21 CET 2004
  fin du calcul à Tue Mar 23 16:20:21 CET 2004

• Quelques remarques sur la compilation des codes :

• Utilisation de la librairie mathématique MKL Intel (BLAS, LAPACK, FFT, ...) :
  Définition d'une variable d'environnement dans le fichier .bash_profile (racine du compte) :
  
  export MKLPATH=/opt/intel/mkl70/lib/32
  
  Intérêt : lors de mises à jour ultérieures un seul fichier à modifier.

• Compilation du même programme avec utilisation de la librairie BLAS d'INTEL :
  ifort test.f $MKLPATH/libmkl_lapack.a $MKLPATH/libmkl_ia32.a  -lguide -lpthread -o test_seq

• Compilation du même programme avec utilisation de la librairie BLAS d'INTEL
  et des options d'optimisation (-tpp7 Intel Xeon, -xW pour activer la vectorisation) :
  ifort -O3  -tpp7  -xW test.f $MKLPATH/libmkl_lapack.a $MKLPATH/libmkl_ia32.a  -lguide  -lpthread  -o test_seq

• Attention : si vous avez des erreurs à l'édition de liens avec la librairie MKL,
  consulter Intel^® Math Kernel Library pour Linux User Notes et vérifier qu'il ne faut pas ajouter d'autres options.

• Pour les codes vectoriels, utiliser les options suivantes : -tpp7 -O3 -r8 -xW -ip -ipo -align -pad
  
  ATTENTION : Vérifier toujours la cohérence et la précision des résultats
  obtenues suite à l'utilisation d'options d'optimisation.

• Exemple de Makefile pour code en Fortran.

• Si votre code utilise des librairies non standards (vos librairies, ATLAS,...),
  vous devez créer votre code en faisant l'édition des liens de manière statique
  (utiliser l'option -static du compilateur).

• Inventaire non exhaustif des options pour vectoriser, paralléliser, optimiser les codes
  à l'aide des compilateurs Intel.

Page maintenue par Jean-Michel CROS (enseignant-chercheur).