Compilation - Optimisation - Déboguer

• Soit le programme fortran 77 : test.f
  Ce programme fait appel à quatre sous-programmes ddot.f, dgemv.f, xerbla.f et lsame.f
  et utilise un fichier de données test.dat.

  Ce programme ouvre le fichier de données, effectue quelques opérations et crée un fichier
  (test.out) contenant les impressions.

• Compilation : (compilateurs Intel : Fortran « ifort », C++ « icc »)

• Configuration : ajouter à la fin du fichier « .bash_profile » (racine du compte) les lignes suivantes :
  
  . /opt/intel_cc_81/bin/iccvars.sh
  . /opt/intel_fc_81/bin/ifortvars.sh

• Compilation sans utiliser de librairie mathématique:
  ifort test.f ddot.f dgemv.f xerbla.f lsame.f -o test_seq

• Utilisation de la librairie mathématique MKL Intel (BLAS, LAPACK, FFT, ...) :
  Définition d'une variable d'environnement dans le fichier .bash_profile (racine du compte) :
  
  export MKLPATH=/opt/intel/mkl70/lib/32
  
  Intérêt : lors de mises à jour ultérieures un seul fichier à modifier.

• Compilation du même programme avec utilisation de la librairie BLAS d'INTEL :
  ifort test.f $MKLPATH/libmkl_lapack.a $MKLPATH/libmkl_ia32.a -lguide -lpthread -o test_seq

• Compilation du même programme avec utilisation de la librairie BLAS d'INTEL
  et des options d'optimisation (-tpp7 Intel Xeon, -xW pour activer la vectorisation) :
  ifort -O3 -tpp7 -xW test.f $MKLPATH/libmkl_lapack.a $MKLPATH/libmkl_ia32.a -lguide -lpthread -o test_seq

• Attention : si vous avez des erreurs à l'édition de liens avec la librairie MKL,
  consulter Intel^® Math Kernel Library 7.0 pour Linux User Notes
  et vérifier qu'il ne faut pas ajouter d'autres options.

• Pour les codes vectoriels, utiliser les options suivantes : -tpp7 -O3 -r8 -xW -ip -ipo -align -pad
  
  ATTENTION : Vérifier toujours la cohérence et la précision des résultats
  obtenues suite à l'utilisation d'options d'optimisation.

• Exemple de Makefile pour code en Fortran.

• Si votre code utilise des librairies non standards (vos librairies, ATLAS,...),
  vous devez créer votre code en faisant l'édition des liens de manière statique
  (utiliser l'option -static du compilateur).

• Inventaire non exhaustif des options pour vectoriser, paralléliser, optimiser les codes
  à l'aide des compilateurs Intel.

• Optimisation des codes (compilateurs Intel) :

Les compilateurs Intel disposent de quelques outils pour analyser vos codes : « profiling ».

• Ajouter l'option -p lors de la compilation :
  ifort -p test.f ddot.f dgemv.f xerbla.f lsame.f -o test_seq

• Exécuter votre code normalement : qsub run_test_home.sh
  À la fin de l'exécution un fichier nommé gmon.out est créé, il contient les informations
  relatives au comportement de votre code.
  
  Rmq : si vous utilisez l'espace /scratch sur les noeuds, ne pas oublier de rapatrier
  le fichier gmon.out dans votre /home.

• Taper alors la commande : gprof test_seq gmon.out > profile.dat
  Le fichier profile.dat contiendra les différentes informations sur le code et notamment
  les sous-programmes les plus gourmands en temps de calcul
  version html du fichier : profile.dat

• Déboguer :

Les compilateurs Intel disposent d'un débogueur : idb.

• Configuration : ajouter à la fin du fichier « .bash_profile » (racine du compte) la ligne suivante :
  
  . /opt/intel_idb_81/bin/idbvars.sh

• Manuel d'utilisation : Debugger Manual.

• Release Notes : Debugger Release Notes

Page maintenue par Jean-Michel CROS (enseignant-chercheur).